Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC112Q8NEF3 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC112Q8NEF3 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC112Q8NEF3 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC112Q8NEF3 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC112Q8NEF3 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms