Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CHD3Q12873 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CHD3Q12873 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
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