Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
UPF3AQ9H1J1 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
UPF3AQ9H1J1 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms