Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN9AQ15858 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
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