Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
COL4A3Q01955 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
COL4A3Q01955 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms