Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD3P31249 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXD3P31249 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms