Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMARCA1P28370 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SMARCA1P28370 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.4 ms