Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y239

NOD1, Nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NOD1Q9Y239 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
NOD1Q9Y239 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NOD1Q9Y239 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms