Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
HLA-CQ95604 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HLA-CQ95604 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms