Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC27.01■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP54Q70EL1 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms