Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN9AQ15858 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN9AQ15858 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
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