Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
USP4Q13107 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
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USP4Q13107 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
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USP4Q13107 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP4Q13107 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP4Q13107 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
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