Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HIF3AQ9Y2N7 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms