Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC87Q9NVE4 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC87Q9NVE4 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms