Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USP4Q13107 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USP4Q13107 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
USP4Q13107 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
USP4Q13107 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
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