Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD9P28356 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms