Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC3Q9BQI4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC3Q9BQI4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms