Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms