Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HLA-CQ95604 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HLA-CQ95604 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms