Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CHD3Q12873 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CHD3Q12873 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
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