Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
COL4A3Q01955 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms