Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms