Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHANK3Q9BYB0 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHANK3Q9BYB0 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHANK3Q9BYB0 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms