Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC54Q8NEL0 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms