Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms