Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms