Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
KLHL28Q9NXS3 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms