Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC87Q9NVE4 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms