Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
DDX28Q9NUL7 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms