Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
HLA-CQ95604 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HLA-CQ95604 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HLA-CQ95604 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HLA-CQ95604 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms