Protein–RNA interactions for Protein: Q15853

USF2, Upstream stimulatory factor 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 346 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF2Q15853 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
USF2Q15853 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF2Q15853 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF2Q15853 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
USF2Q15853 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
USF2Q15853 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms