Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
TRIM28Q13263 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRIM28Q13263 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
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