Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HDAC4P56524 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HDAC4P56524 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HDAC4P56524 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms