Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms