Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP4AQ9BY43 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP4AQ9BY43 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP4AQ9BY43 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP4AQ9BY43 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP4AQ9BY43 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms