Protein–RNA interactions for Protein: Q6A163

KRT39, Keratin, type I cytoskeletal 39, humanhuman

Predictions only

Length 491 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KRT39Q6A163 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
KRT39Q6A163 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
KRT39Q6A163 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
KRT39Q6A163 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.39■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
KRT39Q6A163 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
KRT39Q6A163 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
KRT39Q6A163 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
KRT39Q6A163 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
KRT39Q6A163 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms