Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC30.16■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SF3A1Q15459 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SF3A1Q15459 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SF3A1Q15459 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
SF3A1Q15459 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.95■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
SF3A1Q15459 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SF3A1Q15459 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SF3A1Q15459 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms