Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC33.29■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
TRIM28Q13263 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
TRIM28Q13263 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.17■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TRIM28Q13263 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.09■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
TRIM28Q13263 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
TRIM28Q13263 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC32.97■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.96■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
TRIM28Q13263 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC32.95■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
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