Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC11O43248 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
HOXC11O43248 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HOXC11O43248 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.92
HOXC11O43248 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
HOXC11O43248 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC11O43248 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HOXC11O43248 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HOXC11O43248 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms