Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCL28Q9NRJ3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCL28Q9NRJ3 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms