Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
RPUSD4Q96CM3 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms