Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms