Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A4P53420 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A4P53420 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms