Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms