Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC113Q9H0I3 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC113Q9H0I3 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC113Q9H0I3 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC113Q9H0I3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC113Q9H0I3 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms