Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP28Q96RU2 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.8 ms