Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC17.58■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
USF3Q68DE3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms