Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL18A1P39060 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms