Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HOXD3P31249 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HOXD3P31249 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms