Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCL28Q9NRJ3 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms